La chiesa di S. Tommaso Apostolo è storicamente documentata in un testamento del 1135 conservato nell’Archivio Capitolare di Gaeta. Rientra tra le quattro parrocchie più antiche di Gaeta (insieme a S. Giorgio, S. Pietro e S. Lucia).
La chiesa aveva una struttura ad una navata suddivisa in due campate coperte da volte gotiche; al nucleo originario furono aggiunti successivamente l’avancorpo (ingresso e sovrastante cantoria) e il presbiterio. È ipotizzabile che in origine la chiesa avesse uno spiazzo circostante; con la realizzazione di Via Aragonese (1850 ca.) l’intero fianco sinistro venne a trovarsi al di sotto del piano stradale e per evitare danni causati dalle infiltrazioni meteoriche si procedette alla realizzazione di una intercapedine su tutto il muro sinistro.
Sul fianco destro della cappella si erge un campanile a vela probabilmente realizzato nel XVIII secolo. Nel 1809 fu soppressa la parrocchia e nella chiesa fu trasferita la sede la Confraternita del Rosario, proveniente dal convento di San Domenico. Dalla Confraternita la chiesa acquisisce il nuovo nome di chiesa del SS. Rosario. Il trasferimento del pio sodalizio ha apportato nel luogo di culto tutta una serie di arredi sacri provenienti proprio dalla cappella che la confraternita aveva all’interno del tempio di San Domenico: altare maggiore (1738), la pala d’altare “Madonna del Rosario con S. Domenico e S. Caterina da Siena”, dono di Sebastiano Conca (1737-1738), la balaustra con gli stemmi della Confraternita sui pilastrini (1726).
Sono databili al 1850 ca. gli altari laterali, alcune statue e parte del corredo della settecentesca Statua della Madonna del Rosario.
La Confraternita del SS. Rosario trae origini da una richiesta fatta al padre generale dei Predicatori, Fra Ludovico Istella. Nella chiesa del SS. Rosario si conserva la bolla di erezione canonica del pio sodalizio datata 10 settembre 1607. L’associazione religiosa è organizzata attraverso uno statuto che nel tempo è stato aggiornata e reso al passo con i tempi. Il più antico statuto che si conserva nell’archivio della Confraternita è del 1776 ed è da considerarsi la terza stesura. Questo documento venne approvato dall’autorità ecclesiastica e dal re Ferdinando IV (1777).
