Le navate laterali presentano alcune cappelle finemente decorate.
Entrando in chiesa la prima cappella sinistra è dedicata alla Madonna del Carmelo con un altare in marmi policromi (sec. XVIII) e a pala una immagine della Madonna con San Carlo Borromeo, S. Pio V, San Lorenzo, San Filippo Neri e San Gennaro, olio su tela firmato da Sebastiano Conca (1680-1764); sulla parete sinistra Deposizione (sec. XVII); sulla parete destra Angelo e Tobia di Agostino Beltrano (1607-1656).
La seconda cappella sinistra è dedicata al Santissimo Sacramento, con altare in marmi policromi (sec. XVIII); sul tabernacolo un Crocifisso della scuola di Alessandro Algardi(1595-1654); nella cimasa il Padre Eterno benedicente tra una gloria di angeli, olio su rame attribuito a Sebastiano Conca (1680-1764); sulla parete sinistra Assunzione di Maria di Girolamo Imparato (1550-1621); sulla parete destra Adorazione dei Magi di scuola napoletana (sec XVI); le lampade al Sacramento sono sostenute da due candelabri in bronzo con alla base l’effigie di S. Erasmo e lo stemma della famiglia Laudato
La terza cappella è dedicata a San Filippo Neri con un altare in marmi policromi (1767), dono della famiglia Rogano; a pala vi è una Madonna con Bambino e S. Filippo, olio su tela attribuito a Filippo Conca (1748-1838); sulla parete sinistra Immacolata con S. Rocco e S. Sebastiano (sec. XVII); sotto fregio romano con Menadi (sec. III-IV); sulla parete destra Annunciazione di Claudio Ridolfi (1570-1644); sotto è il frammento del sarcofago dell’Arcivescovo di Rossano Calabro, Bartolomeo Gattola (+ 1400) e dei Vescovi di Caiazzo, Bartolomeo Gattola(+1390) e Giovanni Gattola (+ 1394); più in basso è il coperchio del sarcofago del Vescovo di Gaeta Francesco Gattola (1321-1340).
Entrando in chiesa la prima cappella destra è dedicata a San Bernardo con un altare in marmi policromi (sec. XVIII) che non presenta una pala, ma la nicchia lasciata aperta favorisce la lettura della chiesa medievale sostenuta da colonne e presenta un croficisso ligneo dono di San Alfonso Maria de Liguori; nella cimasa della cornice marmorea sono scolpiti gli attributi di san Bernardo: la mitria, il pastorale e il libro; sulla parete sinistra Le tre Marie di Gennaro Ruo (1812-1884); sulla parete destra Pietà di Saverio dell’Abbadessa (1827-1882 ca.).
La seconda cappella è dedicata a Santa Caterina d’Alessandria, con un altare in marmi policromi (sec. XVIII); Santa Caterina d’Alessandria, olio su tela firmato da Andrea Vaccaro (1600-1670); nella cimasa la ruota, strumento del martirio della santa; sulla parete sinistra Flagellazione (sec. XVI); sulla parete destra Madonna con Santi Domenicani di Sebastiano Conca (1680-1764); la cappella contiene numerose reliquie in prestigiosi elementi architettonici.
Lo spazio successivo mostra i monumenti funebri con i resti mortali dei caduti nell’assedio di Gaeta del 1860-’61.Il primo sulla sinistra è dedicato al Tenente Colonnello Paolo De Sangro (30 giugno 1820 – 5 febbraio 1861), Principe di San Severo. A seguire l’epigrafe del Tenente Gen. Francesco Ferrari (1 aprile 1797 – 4 febbraio 1861); sotto l’iscrizione dedicata ai canonici della Cattedrale che persero la vita nel corso dell’assedio e negli anni successivi; oltre ai canonici Criscuolo e Notarianni, nello stesso loculo sono sepolti anche il Tenente Generale Francesco Traversa (3 luglio 1786 – 5 febbraio 1861) e il confessore della regina Maria Sofia, l’abate Eichollzer; sotto un’altra iscrizione del Comune di Gaeta. Più avanti è l’edicola del Tenente Colonnello Matteo Negri (21 giugno 1818 – 29 ottobre 1860). Nella parete di fronte sono i monumenti funebri dedicati al Generale Riccardo De Sangro (20 luglio 1803 – 5 febbraio 1861) e al Generale Emmanuele Caracciolo Duca di San Vito (16 luglio 1805 – 12 dicembre 1860).
In fondo è il Fonte Battesimale dono di Ferdinando IV di Borbone alla Cattedrale, in stile neoclassico (sec. XVIII-XIX): sulla vasca è scolpito il Battesimo di Gesù, sulla base sono le Virtù Teologali, questa scultura sostituisce l’antico fonte, un vaso greco neoattico (I sec. a.C.) dello scultore Salpione l’Ateniese, oggi presso il Museo Archeologico Nazionale di Napoli; dietro il fonte è il Martirio di Santa Caterina di Gaetano Forte (1790-1871).
A lato sinistro del fonte si accede nella navata antica che mostra una sequenza di colonne, archi e volte dell’antico Duomo medievale, sorretto da colonne e altri materiali di spoglio provenienti da costruzioni romane; gli affreschi delle volte si datano ai secoli XIV-XV; all’interno sono depositati temporaneamente reperti di diverse epoche storiche, in corso di studio e musealizzazione; sull’arco di accesso è un’aquila da leggio (sec. XIII) pertinente un pulpito.